Hoewel het bedrijf in haar huidige vorm nog betrekkelijk jong is, kan het bogen op bijna 100 jaar ervaring. De oorsprong ligt in het begin van de jaren dertig van de vorige eeuw. Jan van Willegen begon in die tijd in Wouw met het kweken van vruchtbomen. Een deel van de bomen liet hij op contract kweken door Peter Gerard Botden uit Sambeek. Later traden de zoons Gerard van Willegen en Jacques Botden in hun vaders voetsporen. De twee bedrijven bleven zelfstandig totdat Jacques Botden begin jaren tachtig de kwekerij en het handelsbedrijf van Van Willegen overnam en zo ontstond handelskwekerij Botden & van Willegen.
In de jaren daarna groeide Botden & van Willegen uit tot een toonaangevende handelskwekerij voor vruchtbomen met klanten over de gehele wereld.
In 2011 deed Jacques Botden een stapje terug en werd het bedrijf overgenomen door vier managers van het bedrijf met een jarenlange ervaring in de teelt en verkoop van vruchtbomen. Met de intrede van deze nieuwe generatie is het bedrijf klaar voor de toekomst.
